BMB511: Introduktion til Computational Biology

Indgangskrav

Ingen

Faglige forudsætninger

Studerende, der følger kurset, forventes at

Have kendskab til grundlæggende molekylærbiologiske begreber og biokemiske processer. Herunder det centrale dogme, nukleinsyre- og protein struktur.
Have et basalt kendskab til proteinkemi (BMB533 eller lignende forudsættes kendt)
Kunne anvende internet og standard computerprogrammer, herunder have en basal forståelse for R.

Formål

At give den studerende en indsigt i anvendelse af computational biologi, bioinformatik og biologisk data science, samt betydningen af og baggrunden for biologiske databaser og programmer i biologi og biomedicin. Den studerende får gennem praktiske øvelser kendskab til computational biologi og de bagvedliggende biologiske fænomener og lærer at forholde sig til analyserne og resultaterne.

Kurset vil tage de studerende bag softwaren for at se, hvordan forskere bruger deres viden om biologi for at konstruere bioinformatiske værktøjer der kan bruges i moderne computational biologi. Desuden trænes de studerende i at bruge sådanne værktøjer til at analysere og fortolke eksperimentelle data (både kvalitativt og kvantitativt), samt i at forholde sig kritisk til hvilke begrænsninger disse værktøjer har. I kurset vil der også blive diskuteret og reflekteret over, hvilke teoretiske og praktisk etiske problemstillinger, der ligger i faget samt fagets samfundsmæssige funktion.

Studerende, der følger kurset, forventes at have kendskab til grundlæggende molekylærbiologiske begreber og biokemiske processer, herunder det centrale dogme, nukleinsyre- og protein struktur. Derudover forventes de studerende at have et grundlæggende kendskab til programmering i R.

Kurset forudsætter aktiv deltagelse. Kurset gør brug af funktioner i SDU’s e-læringssystem og deltagelse i kurset forudsætter derfor, at den studerende behersker disse funktioner og accepterer de udstukne deadlines.

I forhold til uddannelsens kompetenceprofil har kurset eksplicit fokus på at bidrage til følgende kompetencer:

viden om teori og eksperimentelle metoder inden for de biokemiske og molekylær biologiske fagområder
viden om den videnskabelige terminologi, der anvendes inden for de biokemiske, molekylærbiologiske og biomedicinske fagområder
viden om betydningen af biologiske databaser i moderne biomedicin og molekylær biologi
at kunne forstå hvorledes naturvidenskabelig viden opnås ved et samspil mellem teori og eksperiment
at kunne tilegne sig ny viden på en effektiv og selvstændig måde og kunne anvende denne viden reflekterende
at kunne forstå at tilgangen til fagets centrale emner og metoder er uafhængig af nationale grænser
anvende en eller flere biokemiske og molekylærbiologiske teorier og metoder
undersøge konkrete biokemiske og molekylærbiologiske fænomener teoretisk og/eller eksperimentelt
anvende bioinformatik i praksis

Målbeskrivelse

Når kurset er færdigt, forventes den studerende at:

Kende til de vigtigste dataformater og koncepter indenfor behandling af DNA, RNA, og protein data.
Kunne finde, ekstrahere og udnytte den information, der ligger i de vigtigste biologiske databaser (f.eks. UniProt.org) og forstå deres opbygning og vigtigste karakteristika.
Kende til og anvende bioinformatiske redskaber til at karakterisere og sammenligne nukleinsyre sekvenser.
Kende til og anvende bioinformatiske teknikker til at undersøge og sammenligne proteiners sekvens, struktur og funktion.
Forstå de vigtigste koncepter til at analysere og visualisere kvantitativ data fra -omics eksperimenter, herunder transcriptomics og proteomics.
Forstå principperne bag gen-ontologi og dens anvendelse på molekylære netværk.
Kende til koncepterne bag systembiologi.
Forstå vigtigheden af open source kode og open data politikker og dertilhørende etiske overvejelser.
Analysere digitale billeder dannet gennem optisk mikroskopi af biologiske prøver og kunne trække information om cellulære processer ud af billederne

Indhold

Kurset indeholder følgende faglige hovedområder:

Bioinformatiske data og databaser
Kvalitativ analyse af biomolekyler
Kvantitativ analyse af biomolekyler
Bioinformatisk billedanalyse
Åben data og etik i bioinformatik

Litteratur

Præsentationer fra forelæsninger.
Udleverede noter, artikler, videoer og opgaver.

Studiematerialet vil blive gjort tilgængeligt via SDU’s e-læringssystem.

Eksamensbestemmelser

Forudsætningsprøve a)

Tidsmæssig placering

Efterår

Udprøvninger

Obligatoriske opgaver

EKA

N200048112

Censur

Intern prøve, en bedømmer

Bedømmelse

Bestået/Ikke bestået

Identifikation

Fulde navn og SDU brugernavn

Sprog

Følger, som udgangspunkt, undervisningssprog

Hjælpemidler

Oplyses på kurset

ECTS-point

Uddybende information

Eksamen består af godkendelse af øvelsesopgavebesvarelser der bedømmes samlet
Forudsætningsprøven er en forudsætning for deltagelse i eksamenselement a)

Eksamenselement a)

Tidsmæssig placering

Januar

Forudsætninger

Type	Forudsætningsnavn	Forudsætningsfag
Delprøve	Forudsætningsprøve a)	N200048101, BMB511: Introduktion til Computational Biology

Udprøvninger

Skriftlig eksamen

EKA

N200048102

Censur

Intern prøve, to eller flere bedømmere

Bedømmelse

7-trinsskala

Identifikation

Studiekort

Sprog

Følger, som udgangspunkt, undervisningssprog

Varighed

3 timer

Hjælpemidler

Alle almindelige hjælpemidler er tilladte fx lærebøger, egne noter, computerprogrammer som ikke benytter internettet m.v.

Internet er ikke tilladt. Du må dog gå ind på kursets hjemmeside i itslearning i forbindelse med udfyldelse af MCQ-test. Noter fra kurset, som du ønsker at anvende som hjælpemidler, skal downloades til din computer senest dagen før eksamenen. Under eksamenen er det ikke sikkert at alt kursusmateriale er tilgængeligt for dig.

ECTS-point

Uddybende information

Reeksamen ændres til en mundtlig eksamen, hvis der er 9 eller færre studerende tilmeldte. Den mundtlige eksamen er uden hjælpemidler og forberedelsestid. Varighed 20 min. inkl. votering. Den studerende trækker et emne, og går derefter direkte i gang med at fortælle det de ved om emnet. Spørgsmålene til den studerende vil tage udgangspunkt i dette emne, men vil kun være afgrænset af pensum.

Vejledende antal undervisningstimer

42 timer per semester

Undervisningsform

På naturvidenskab er undervisningen tilrettelagt efter trefasemodellen dvs. intro, trænings- og studiefasen.

Introfase: 20 timer
Træningsfase: 22 timer, heraf: Laboratorieøvelser: 22 timer

Aktiviteter i studiefasen:

Opgaver
Artikler

Introfasen består af forelæsninger, som introducerer kursets emner og supplerer indholdet i de relevante tekster med yderligere viden og perspektivering. Dvs. forelæsningerne indeholder læring, der ikke nødvendigvis kan genfindes i teksterne og videoer, men som kan findes i forelæsningsslides/noter.

I træningsfasen arbejdes selvstændigt, primært med brug af forskellige fagrelevante redskaber suppleret med teoretiske spørgsmål og øvelser i at beskrive, evaluere og forklare de opnåede resultater. De studerende har i træningsfasen adgang til dialog med instruktor og/eller underviser samt med medstuderende. De trænes i de i kursusbeskrivelsen beskrevne målbeskrivelser.

I studiefasen forventes de studerende at arbejde med selvstudium af udvalgte artikler og diverse opgaver.
Forelæsningerne (introfasen), teksterne (del af studiefasen) og øvelserne i træningsfasen er tænkt som et supplement til hinanden.

På kursets side i SDU's e-læringssystem findes der nærmere information om afleveringsfrist for forudsætningsprøvens delelementer og evt. genafleveringsmuligheder.

Ansvarlig underviser

Navn	E-mail	Institut
Jesper Grud Skat Madsen	jgsm@bmb.sdu.dk	Institut for Biokemi og Molekylær Biologi

Yderligere undervisere

Navn	E-mail	Institut
Daniel Wüstner	wuestner@bmb.sdu.dk	Institut for Biokemi og Molekylær Biologi
Ole Nørregaard Jensen	jenseno@bmb.sdu.dk	Institut for Biokemi og Molekylær Biologi
Thøger Jensen Krogh	thjk@bmb.sdu.dk	Administration og Service
Veit Schwämmle	veits@bmb.sdu.dk	Institut for Biokemi og Molekylær Biologi

Skemaoplysninger

Odense

Vis fuldt skema

Administrationsenhed

Biokemi og Molekylær Biologi

Team hos Uddannelsesjura & Registratur

NAT

Udbudssteder

Odense

Anbefalede studieforløb

Profil	Uddannelse	Semester	Udbuds periode

Overgangsordninger

Overgangsordninger beskriver, hvordan et kursus erstatter et andet kursus, når der ændres i et studieforløb.

Hvis der er lavet en overgangsordning for et kursus vil den fremgå af oversigten.
Se overgangsordninger for alle kurser på Det Naturvidenskabelige Fakultet.