BMB202: Proteinoprensning
Det Naturvidenskabelige Studienævn
Undervisningssprog: Dansk, men engelsk ved internationale studerende
EKA: N220000112, N220000122, N220000102
Censur: Intern prøve, en bedømmer, Ekstern prøve
Bedømmelse: Bestået/Ikke bestået, 7-trinsskala
Udbudssteder: Odense
Udbudsterminer: Efterår
Niveau: Ph.d.
STADS ID (UVA): N220000101
ECTS-point: 10
Godkendelsesdato: 19-04-2018
Varighed: 1 semester
Version: Arkiv
Kommentar
01013901 (tidligere UVA) er identisk med denne kursusbeskrivelse.
Max 12 og min. 8 på hvert hold i lab. pr. uge (ca. 60 øvelsestimer pr. uge). Holdinddeling til laboratorieøvelserne finder sted ved forelæsningerne. Øvelserne afholdes i hele uge 43.
Kurset har deltagerbegrænsning. Der lægges vægt på følgende kriterier i nedenstående rækkefølge ved tildelingen af pladser:
- Studerende, der har optjent flest ECTS på kandidatuddannelsen har første prioritet
- Studerende, der er optaget betinget på kandidatuddannelsen har hernæst prioritet
- Studerende, der følger kandidatkurser samtidig med deres bacheloruddannelse (dispensation til 30 ECTS kandidatkurser) har herefter prioritet
- Bachelorstuderende
Hvis der er pointmæssigt ligestillede blandt studerende i gruppe 1 til 4, trækkes der lod.
De faglige miljøer ved Det Naturvidenskabelige Fakultet forestår prioriteringen, og der oprettes en venteliste. Studerende, der ikke optages på kurset, men kommer på venteliste, får besked fra fakultetet. Ventelisten overføres ikke til det efterfølgende år.
Forudsætningen for at beholde pladsen på kurset er personligt fremmøde første kursusdag eller på anden måde underretning til underviseren. Ved manglende fremmøde eller underretning i øvrigt optages kursuspladsen af studerende fra ventelisten, i den rækkefølge ventelisten angiver.
Indgangskrav
Faglige forudsætninger
Studerende, der følger kurset, forventes at:
- have kendskab til grundlæggende almen og organisk kemi og biokemi herunder især fedtsyremetabolisme, organiske molekylers struktur og funktionelle grupper samt pH-begrebet.
- have kendskab til betydningen af organiske molekyler i biokemien herunder biologiske makromolekyler.
- have kendskab til simple uorganiske molekyler og salte samt deres egenskaber.
- have praktisk erfaring med laboratoriearbejde og almen laboratoriesikkerhed.
Formål
Kurset har til formål at sætte den studerende i stand til at forstå teorien bag og anvendelsen af de mest almindelige proteinoprensningsmetoder samt at kunne bruge disse i praksis. Dette er vigtigt i forhold til forståelsen og karakterisering af protein funktioner og struktur og udvikling af f. eks proteinbaserede lægemidler.
Kurset bygger oven på den viden, der er erhvervet i kurset FF503 eller tilsvarende med et grundlæggende indhold af almen og organisk kemi, BMB532 eller tilsvarende grundlæggende biokemikursus samt BMB505/536.
I forhold til uddannelsens kompetenceprofil har kurset eksplicit fokus på at:
- Give kompetence til at anvende avancerede metoder til at oprense og karakterisere proteiner
- Give færdigheder i at skabe det eksperimentelle grundlag for praktisk udførsel af oprensning af proteiner
- Give viden om teknikker indenfor proteinoprensning og karakterisering af deres egenskaber herunder enzymaktivitet.
- At kunne forstå og på et videnskabeligt grundlag reflektere over biokemiske og molekylærbiologisk viden samt kunne identificere videnskabelige problemstillinger.
Målbeskrivelse
For at opnå kursets formål er det læringsmålet for kurset, at den studerende demonstrerer evnen til at:
- diskutere og analysere hvordan fedtsyresyntesen forløber i bakterier, simple eukaryote celler som gærceller samt pattedyrceller herunder de forskellige fedtsyresyntese-enzymsystemer i hhv. cytosolen og i mitochondrier.
- diskutere virkningsmekanismerne bag fedtsyresyntese, elongering og terminering
- udvælge præcise metoder til homogenisering af specifikke væv og celler
- evaluere fordele og ulemper ved ionbytnings-, gelfiltrerings- og affinitetskromatografi
- diskutere og analysere teorien bag søjlekromatografi og de faktorer der påvirker oprensningen og adskillelsen af proteiner.
- diskutere teorien bag proteiners opløselighed og hvorledes denne kan påvirkes af salt, organiske opløsningsmidler, temperatur, og pH.
- diskutere og analysere principperne bag elektroforetisk adskillelse af molekyler, herunder proteiner.
- diskutere og perspektivere anvendelsen af elektroforese i forståelsen af proteiners egenskaber og struktur.
- diskutere og vurdere typiske teknikker som anvendes til koncentrationsbestemmelse af proteiner.
Indhold
Kurset indeholder følgende faglige hovedområder:
- en teoretisk del, hvor teorien bag fedtsyresyntese gennemgås.
- de anvendte metoder gennemgås.
- en praktisk del, hvor et bestemt protein oprenses ved hjælp af de gennemgåede metoder. De anvendte metoder omfatter fraktionering af cellebestanddele ved centrifugering og proteinfraktionering ved hjælp af fældning, ionbytningskromatografi og gelfiltreringskromatografi. Endvidere vil deltagerne komme til at udføre fotometriske bestemmelser af proteinindhold og enzymaktiviteter. Renheden af det oprensede protein og dets molvægt bestemmes ved hjælp af gelelektroforese.
Litteratur
- Robert K, Scopes: Protein Purification - Principles and Practice, Springer Verlag, 3. udgave.
- Udvalgte forsknings- og oversigtsartikler.
Se BlackBoard for pensumlister og yderligere litteraturhenvisninger.
Eksamensbestemmelser
Forudsætningsprøve a)
Tidsmæssig placering
Efterår
Udprøvninger
Deltagelse i laboratorieøvelser
EKA
N220000112
Censur
Intern prøve, en bedømmer
Bedømmelse
Bestået/Ikke bestået
Identifikation
Studiekort
Sprog
Følger, som udgangspunkt, undervisningssprog
Hjælpemidler
Oplyses på kurset
ECTS-point
0
Uddybende information
Forudsætningsprøven er en forudsætning for deltagelse i eksamenselement a)
Forudsætningsprøve b)
Tidsmæssig placering
Efterår
Udprøvninger
Aflevering af rapport
EKA
N220000122
Censur
Intern prøve, en bedømmer
Bedømmelse
Bestået/Ikke bestået
Identifikation
Fulde navn og SDU brugernavn
Sprog
Følger, som udgangspunkt, undervisningssprog
Hjælpemidler
Oplyses på kurset
ECTS-point
0
Uddybende information
Forudsætningsprøven er en forudsætning for deltagelse i eksamenselement a)
Eksamenselement a)
Tidsmæssig placering
Efterår
Forudsætninger
Type | Forudsætningsnavn | Forudsætningsfag |
---|---|---|
Delprøve | Forudsætningsprøve b) | N220000101, BMB202: Proteinoprensning |
Udprøvninger
Mundtlig eksamen på baggrund af labrapport
EKA
N220000102
Censur
Ekstern prøve
Bedømmelse
7-trinsskala
Identifikation
Studiekort
Sprog
Følger, som udgangspunkt, undervisningssprog
Hjælpemidler
Oplyses på kurset
ECTS-point
10
Uddybende information
Reeksamen i samme eksamenstermin eller i umiddelbar forlængelse heraf.
Eksamensformen ved reeksamen kan være en anden end eksamensformen ved den ordinære eksamen.
Vejledende antal undervisningstimer
Undervisningsform
Aktiviteter i studiefasen:
- Selvstudium af lærebogen
- Skriftlig rapport
- Selvstændig opsamling på intro- og træningsfasen
- Repetition op til eksamen